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Im Norden trennt der Harlem River Manhattan Island von der Bronx und dem Festland der Vereinigten Staaten. Mehrere kleine Inseln gehören ebenfalls zum Bezirk Manhattan, darunter Randall's Island, Wards Island und Roosevelt Island im East River sowie Governors Island und Liberty Island im Süden im Hafen von New York. Manhattan Island ist 22.7 km² groß, 59 km lang und 2 km breit, an der breitesten Stelle (in der Nähe der 13.4th Street).
Manhattan ist grob in Downtown (Lower Manhattan), Midtown (Midtown Manhattan) und Uptown (Upper Manhattan) unterteilt, wobei die Fifth Avenue Manhattans Ost- und Westseite teilt. Manhattan Island wird im Westen vom Hudson River und im Osten vom East River begrenzt.
Das Grundgestein, das einem Großteil von Manhattan zugrunde liegt, ist ein Glimmerschiefer, der als Manhattan Schiefer bekannt ist. Es ist ein starkes, kompetentes metamorphes Gestein, das bei der Entstehung von Pangaea entstanden ist. Es eignet sich gut für die Gründung von hohen Gebäuden und die beiden großen Konzentrationen von Wolkenkratzern auf der Insel treten an Orten auf, an denen die Formation nahe an der Oberfläche liegt. Im Central Park treten Aufschlüsse von Manhattan Schiefer auf und Rat Rock ist ein ziemlich großes Beispiel.
