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在北部，哈莱姆河将曼哈顿岛与布朗克斯和美国大陆分开。 几个小岛也是曼哈顿区的一部分，包括东河的兰德尔岛、沃兹岛和罗斯福岛，以及纽约港南部的总督岛和自由岛。 曼哈顿岛面积 22.7 平方英里（59 平方公里），长 2 英里（13.4 公里），宽 21.6 英里（2.3 公里），最宽处（靠近第 3.7 街）。
曼哈顿大致分为市中心（曼哈顿下城）、中城（曼哈顿中城）和上城（曼哈顿上城），第五大道将曼哈顿的东侧和西侧分隔开来。 曼哈顿岛西临哈德逊河，东临东河。
曼哈顿大部分地区的基岩是被称为曼哈顿片岩的云母片岩。 它是盘古大陆形成时形成的一种坚固、有能力的变质岩。 它非常适合高层建筑的地基，岛上的两座大型摩天大楼集中在靠近地表的位置。 在中央公园，出现了曼哈顿片岩的露头，老鼠岩就是一个相当大的例子。
